一、各自的简要介绍
pixhawk是硬件平台，PX4是pixhawk的原生固件，专门为pixhawk开发。
APM（Ardupilot Mega）也是硬件，Ardupilot是APM的固件，所以称ArduPilot固件也叫APM。
二、两者的联系
后来APM硬件性能不太够，所以APM固件也就针对兼容了Pixhawh硬件平台。
所以在pixhawk硬件平台上可以运行PX4固件（原生固件），也可以运行APM固件。
三、两者的特点
APM固件Ardupilo最初是基于arduino搞的，其程序比较混乱，零散。维护者多，代码风格不太统一，而且是单片机这种调用程序，不好入门。但是成熟稳定，支持硬件多。
PX4固件，在nuttx嵌入式实时操作系统上运行。采用多任务，模块化设计。相对来说方便入门，代码风格比较统一。但是支持硬件少，相比APM固件不太稳定。
四、补充
参考链接：
1.知乎：Ardupilot和Pixhawk什么关系？
2.CSDN：PX4和ardupilot(APM)的对比